Το Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) «Εφαρμοσμένη Βιοπληροφορική – Ανάλυση Βιολογικών Δεδομένων» πιστοποιείται από την Εθνική Αρχή Ανώτατης Εκπαίδευση πριν από την έναρξή του και περιοδικά, σύμφωνα με την κείμενη νομοθεσία, και αξιολογείται ετησίως εσωτερικά στο πλαίσιο του Εσωτερικού Συστήματος Διασφάλισης Ποιότητας του Δημοκριτείου Πανεπιστημίου Θράκης.