Το ωρολόγιο πρόγραμμα για το ακαδημαϊκό έτος 2023-2024, θα οριστικοποιηθεί στα τέλη Σεπτεμβρίου 2023. Εδώ παραθέτουμε το πρόγραμμα του προηγούμενου ακαδημαϊκού έτους για ενημέρωση. Θα υπάρξουν βελτιώσεις ως προς το περιεχόμενο, αλλά η βασική δομή θα παραμείνει.
Module 1: Βασικές Γνώσεις
Μαθήματα:
Ομάδα Α (απόφοιτοι σχολών βιολογικού προσανατολισμού)
-
ΕΒΠ101, Αρχές Προγραμματισμού, υπεύθυνος Νικόλαος Γλυκός
-
ΕΒΠ102, Βιοστατιστική, υπεύθυνος Αριστοτέλης Παπαγεωργίου
Ομάδα Β (απόφοιτοι σχολών με φυσικομαθηματικό προσανατολισμό)
-
ΕΒΠ201, Αρχές Μοριακής Βιολογίας, υπεύθυνος Ραφαήλ Σανδαλτζόπουλος
-
ΕΒΠ202, Αρχές Γενετικής, υπεύθυνοι Ιωάννης Τοκατλίδης & Ιωάννα Μαρουλάκου
Εβδομάδα 1: Δια ζώσης
|
Παρασκευή 4 Νοεμβρίου 2022 |
||||
|
Ώρα |
Μάθημα |
ΟΜΑΔΑ Α |
Μάθημα |
ΟΜΑΔΑ Β |
|
16:00-18:00 |
101 |
Το κέλυφος του UNIX 1 |
202 |
Η μαθηματική βάση της Γενετικής |
|
18:30-20:30 |
102 |
Εισαγωγή στη στατιστική για βιολόγους |
201 |
DNA, αλληλουχία, RNA |
|
Σάββατο 5 Νοεμβρίου 2022 |
||||
|
Ώρα |
Μάθημα |
ΟΜΑΔΑ Α |
Μάθημα |
ΟΜΑΔΑ Β |
|
9:30-11:30 |
101 |
Το κέλυφος του UNIX 2 |
201 |
Γονίδιο, γονιδίωμα |
|
12:00-14:00 |
101 |
Προγραμματισμός – θεμέλιο 1 |
201 |
Αντιγραφή
|
|
16:00-18:00 |
102 |
Βασικές έννοιες, τύποι μεταβλητών |
202 |
DNA/RNA
|
|
18:30-20:30 |
102 |
Συγκέντρωση και οργάνωση στατιστικών δεδομένων |
202 |
Μενδελική γενετική
|
|
Κυριακή 6 Νοεμβρίου 2022 |
||||
|
Ώρα |
Μάθημα |
ΟΜΑΔΑ Α |
Μάθημα |
ΟΜΑΔΑ Β |
|
9:30-11:30 |
101 |
Προγραμματισμός – θεμέλιο 2 |
202 |
Γενετική πληθυσμών
|
|
12:00-14:00 |
102 |
Πιθανότητες, κατανομές πιθανοτήτων |
201 |
Μεταγραφή
|
Εβδομάδα 2: Δια ζώσης
|
Παρασκευή 18 Νοεμβρίου 2022 |
||||
|
Ώρα |
Μάθημα |
ΟΜΑΔΑ Α |
Μάθημα |
ΟΜΑΔΑ Β |
|
16:00-18:00 |
101 |
Προγραμματισμός παραδείγματα 1 |
202 |
Το ανθρώπινο γονιδίωμα
|
|
18:30-20:30 |
102 |
Συσχέτιση – παλινδρόμηση |
202 |
Εξελικτική Γενετική
|
|
Σάββατο 19 Νοεμβρίου 2022 |
||||
|
Ώρα |
Μάθημα |
ΟΜΑΔΑ Α |
Μάθημα |
ΟΜΑΔΑ Β |
|
9:30-11:30 |
101 |
Προγραμματισμός παραδείγματα 2 |
201 |
Μετάφραση
|
|
12:00-14:00 |
102 |
Έλεγχοι υποθέσεων, ανάλυση διακύμανσης |
201 |
Επιγενετική
|
Module 2: Εισαγωγή στη Βιοπληροφορική
Μαθήματα:
-
ΕΒΠ03, Βιοπληροφορική και Υπολογιστική Βιολογία: Θεμελιώδεις Αρχές, υπεύθυνος Αντώνης Γιαννακάκης
-
ΕΒΠ04, Μεταγραφομική, Γονιδιωματική και Επιγενετική, υπεύθυνη Μαριρένα Γρηγορίου
-
ΕΒΠ05, Γλώσσες Προγραμματισμού και Λογισμικό στη Βιοπληροφορική, υπεύθυνος Πέτρος Κολοβός
|
Σάββατο 19 Νοεμβρίου 2022 |
||
|
16:00-18:00 |
03 |
Εισαγωγή στην Ευφυή Ανάλυση Δεδομένων, Μηχανική Μάθηση και Βαθιά Μάθηση |
|
18:30-20:30 |
04 |
Τεχνολογίες αιχμής: Αλληλούχιση Επόμενης Γενιάς, Crispr/Cas, dPCR |
|
Κυριακή 20 Νοεμβρίου 2022 |
||
|
Ώρα |
Μάθημα |
|
|
9:30-11:30 |
04 |
Συγκριτική γονιδιωματική: Προκαρυωτικά & Ευκαρυωτικά Γoνιδιώματα, Ταυτοποίηση Γονιδίων, Γονιδιώματα, Γονιδιώματα & Εξέλιξη, Εφαρμογές (genomics, whole genome seq, SNPs) |
|
12:00-14:00 |
05 |
Εισαγωγή στην R, R-studio, βασικές εντολές |
Εβδομάδα 3: Τηλεδιασκέψεις
|
Παρασκευή 2 Δεκεμβρίου 2022 |
||
|
Ώρα |
Μάθημα |
|
|
16:00-18:00 |
03 |
Βάσεις Βιολογικών Δεδομένων |
|
Σάββατο 3 Δεκεμβρίου 2022 |
||
|
Ώρα |
Μάθημα |
|
|
9:30-11:30 |
03 |
Αναπαραστάση Βιολογικών Δεδομένων: Οντολογίες και Γράφοι Γνώσης |
|
12:00-14:00 |
05 |
Data frame manipulation |
|
16:00-18:00 |
04 |
Λειτουργική γονιδιωματική : Γονιδιακή Έκφραση στην Ανάπτυξη – Εξέλιξη (transcriptomics, single cell & spatial transcriptomics) |
|
18:30-20:30 |
04 |
Λειτουργική γονιδιωματική ΙΙ: Aπό την επιγενετική στην επιγονιδιωματική και τη φαινομική (epigenomics, phenomics) |
|
Κυριακή 4 Δεκεμβρίου 2022 |
||
|
Ώρα |
Μάθημα |
|
|
9:30-11:30 |
03 |
Ανάλυση Βιολογικών αλληλουχιών: Συγκριτική Γονιδιωματική και Γονιδιωματική Εξέλιξη |
|
12:00-14:00 |
05 |
Διαγράμματα και Στατιστική με R |
Εβδομάδα 4: Τηλεδιασκέψεις
|
Παρασκευή 16 Δεκεμβρίου 2022 |
||
|
Ώρα |
Μάθημα |
|
|
16:00-18:00 |
03 |
Υπολογιστική Πρόγνωση Δομής και Λειτουργίας Πρωτεϊνών με Έμφαση στους Αλγόριθμους Hidden Markov |
|
18:30-20:30 |
05 |
Functions in R |
|
Σάββατο 17 Δεκεμβρίου 2022 |
||
|
Ώρα |
Μάθημα |
|
|
9:30-11:30 |
03 |
Γονιδιωματική, Μεταγονιδιωματική, Βιολογικά Δίκτυα, Απεικόνιση Δεδομένων, Υψηλής-Απόδοσης Ανάλυση Δεδομένων και Κειμένο |
|
12:00-14:00 |
05 |
Introduction to Machine Learning |
|
16:00-18:00 |
04 |
Λειτουργική γονιδιωματική ΙΙΙ: Πρωτεομική ανάλυση, Πρωτεομική και Μεταβολομική (proteomics, metabolomics) |
|
18:30-20:30 |
03 |
Υπολογιστική Πρόβλεψη Πρωτεϊνικών Αλληλεπιδράσεων: Εξόρυξη Γνώσης μέσα από την ανάλυση κειμένου και Γονιδιακού Περιεχομένου |
|
Κυριακή 18 Δεκεμβρίου 2022 |
||
|
Ώρα |
Μάθημα |
|
|
9:30-11:30 |
05 |
UNIX περιβάλλον και εντολές |
|
12:00-14:00 |
04 |
Μικροβίωμα (metagenomics, metatranscriptomics) |
Module 3: Ανάλυση Βιολογικών Δεδομένων
Μαθήματα:
-
ΕΒΠ06, Βιολογία Συστημάτων και Ανάλυση Δεδομένων NGS, υπεύθυνος Πέτρος Κολοβός
-
ΕΒΠ07, Στατιστική Επεξεργασία Βιολογικών Δεδομένων, υπεύθυνος Αριστοτέλης Παπαγεωργίου
-
ΕΒΠ08, Ανάλυση Δομής Βιομορίων, υπεύθυνη Βασιλική Φαδούλογλου
Εβδομάδα 5: Διά ζώσης
|
Παρασκευή 10 Φεβρουαρίου 2023 |
||
|
Ώρα |
Μάθημα |
|
|
16:00-18:00 |
06 |
Βασικές αρχές και ανάλυση ChIP-seq, RNA-seq, xC, Exome-seq |
|
18:30-20:30 |
07 |
Marker data, SNPs, αλληλουχίες, οργάνωση δεδομένων, αναλύσεις, ποικιλότητα και διαφοροποίηση, πληθυσμιακή δομή, πακέτα R |
|
Σάββατο 11 Φεβρουαρίου 2023 |
||
|
Ώρα |
Μάθημα |
|
|
9:30-11:30 |
06 |
Genome Wide Association Studies |
|
12:00-14:00 |
07 |
Ordination, πολυμεταβλητές αναλύσεις, πακέτα R |
|
16:00-18:00 |
08 |
Δομή βιομορίων: βασικές αρχές της δομής πρωτεϊνών, νουκλεϊκών οξέων, νουκλεοπρωτεϊνικών συμπλόκων |
|
18:30-20:30 |
08 |
Δομικά μοτίβα και επικράτειες. Πρωτεϊνική δομή και ασθένειες. Βάσεις δεδομένων πρωτεϊνικών δομών |
|
Κυριακή 12 Φεβρουαρίου 2023 |
||
|
Ώρα |
Μάθημα |
|
|
9:30-11:30 |
07 |
Εξελικτικά σενάρια, γενετικές αποστάσεις, φυλογενετικά δέντρα, δίκτυα, bayesian, πακέτα R |
|
12:00-14:00 |
08 |
Πρωτεϊνική ομολογία: από την αμινοξική αλληλουχία στη δομή και τη λειτουργία. Πρόβλεψη πρωτεϊνικής δομής Ι |
Εβδομάδα 6: Τηλεδιασκέψεις
|
Παρασκευή 3 Μαρτίου 2023 |
||
|
Ώρα |
Μάθημα |
|
|
16:00-18:00 |
06 |
Networks |
|
18:30-20:30 |
07 |
Σύγχρονες τεχνολογίες γονιδωματικής πληθυσμών |
|
Σάββατο 4 Μαρτίου 2023 |
||
|
Ώρα |
Μάθημα |
|
|
9:30-11:30 |
08 |
Αναδίπλωση πρωτεϊνών: Το πρόβλημα της πρωτεϊνικής αναδίπλωσης. Πρόβλεψη πρωτεϊνικής δομής ΙΙ (AlphaFold) |
|
12:00-14:00 |
06 |
Introduction to NGS pipelines (variant calling) |
|
16:00-18:00 |
07 |
Γεωγραφική γενετική |
|
Κυριακή 5 Μαρτίου 2023 |
||
|
Ώρα |
Μάθημα |
|
|
9:30-11:30 |
06 |
Γενετικά τεστ |
|
12:00-14:00 |
08 |
Προσδιορισμός της δομής βιομορίων Ι: Κρυσταλλογραφία ακτίνων Χ |
Εβδομάδα 7: Τηλεδιασκέψεις
|
Παρασκευή 17 Μαρτίου 2023 |
||
|
Ώρα |
Μάθημα |
|
|
16:00-18:00 |
06 |
Multi omic |
|
18:30-20:30 |
08 |
Προσδιορισμός της δομής βιομορίων ΙΙ: Πυρηνικός μαγνητικός συντονισμός (NMR) |
|
Σάββατο 18 Μαρτίου 2023 |
||
|
Ώρα |
Μάθημα |
|
|
9:30-11:30 |
06 |
From sequencing reads to metabolic models |
|
12:00-14:00 |
08 |
Προσδιορισμός της δομής βιομορίων ΙΙI: Ηλεκτρονική μικροσκοπία |
|
16:00-18:00 |
08 |
Προσδιορισμός της δομής βιομορίων ΙV: Σκέδαση ακτίνων Χ σε μικρές γωνίες (SAXS) |
|
Κυριακή 19 Μαρτίου 2023 |
||
|
Ώρα |
Μάθημα |
|
|
9:30-11:30 |
07 |
Εισαγωγή στο metabarcoding (οικολογία και βιοποικιλότητα βασισμένη στη μελέτη “γονιδίων μαρτύρων”), pipeline development και high performance computing |
|
12:00-14:00 |
07 |
Literature and data-mining to uncover process, environment, organism associations |
Module 4: Σύγχρονες Τεχνικές Ανάλυσης και Εφαρμογές της Βιοπληροφορικής
Μαθήματα:
-
ΕΒΠ09, Case Studies στην Εφαρμοσμένη Βιοπληροφορική, υπεύθυνος Παύλος Εφραιμίδης
-
ΕΒΠ10, Σύγχρονες Τεχνολογίες στην Επιστήμη των Υπολογιστών, υπεύθυνοι Ιωάννης Μπούταλης & Νίκόλαος Μητιανούδης
Εβδομάδα 8: Τηλεδιασκέψεις
|
Παρασκευή 31 Μαρτίου 2023 |
||
|
Ώρα |
Μάθημα |
|
|
16:00-18:00 |
09 |
Algorithms and Tools |
|
Σάββατο 1 Απριλίου 2023 |
||
|
Ώρα |
Μάθημα |
|
|
10:00-12:00 |
09 |
Algorithmic Use Case: BLAST |
|
16:00-19:00 |
10 |
Βασικές έννοιες και εργαλεία της μηχανικής μάθησης (machine learning) |
|
Κυριακή 2 Απριλίου 2023 |
||
|
Ώρα |
Μάθημα |
|
|
9:30-11:30 |
09 |
Algorithmic Use Case: Motif-finding |
|
16:00-19:00 |
10 |
Τεχνητά νευρωνικά δίκτυα (artificial neural networks), βασικές έννοιες |
Εβδομάδα 9: Τηλεδιασκέψεις
|
Παρασκευή 5 Μαΐου 2023 |
||
|
Ώρα |
Μάθημα |
|
|
16:00-18:00 |
09 |
Machine Learning Use Case: Covid |
|
Σάββατο 6 Μαΐου 2023 |
||
|
Ώρα |
Μάθημα |
|
|
10:00-12:00 |
09 |
Machine Learning Use Case: Drug-target interaction |
|
16:00-19:00 |
10 |
Εισαγωγή στη βαθιά μάθηση (deep learning) |
|
Κυριακή 7 Μαΐου 2023 |
||
|
Ώρα |
Μάθημα |
|
|
9:30-11:30 |
09 |
Course Project |
|
16:00-19:00 |
10 |
Eφαρμογές στην επεξεργασία βιολογικών δεδομένων |
Εβδομάδα 10: Υβριδικό (Διά ζώσης / τηλεδιάσκεψη)
|
Παρασκευή 19 Μαΐου 2023 |
||
|
Ώρα |
Μάθημα |
|
|
16:00-18:00 |
06 |
Course Project |
|
18:30-20:30 |
07 |
Course Project |
|
Σάββατο 20 Μαΐου 2023 |
||
|
Ώρα |
Μάθημα |
|
|
9:30-11:30 |
08 |
Course Project |
|
12:00-14:00 |
09 |
Course Project |
|
16:00-18:00 |
10 |
Course Project |
|
18:30-20:30 |
|
Κλείσιμο ΠΜΣ |