ΩΡΟΛΟΓΙΟ ΠΡΟΓΡΑΜΜΑ ΠΜΣ

Πρόγραμμα διαλέξεων

Module 1: Βασικές Γνώσεις

Μαθήματα:

Ομάδα Α (απόφοιτοι σχολών βιολογικού προσανατολισμού)

  • ΕΒΠ101, Αρχές Προγραμματισμού, υπεύθυνος Νικόλαος Γλυκός

  • ΕΒΠ102, Βιοστατιστική, υπεύθυνος Αριστοτέλης Παπαγεωργίου

Ομάδα Β (απόφοιτοι σχολών με φυσικομαθηματικό προσανατολισμό)

  • ΕΒΠ201, Αρχές Μοριακής Βιολογίας, υπεύθυνος Ραφαήλ Σανδαλτζόπουλος

  • ΕΒΠ202, Αρχές Γενετικής, υπεύθυνοι Ιωάννης Τοκατλίδης & Ιωάννα Μαρουλάκου

Εβδομάδα 1: Δια ζώσης

Παρασκευή 4 Νοεμβρίου 2022

Ώρα

Μάθημα

ΟΜΑΔΑ Α

Μάθημα

ΟΜΑΔΑ Β

16:00-18:00

101

Το κέλυφος του UNIX 1

202

Η μαθηματική βάση της Γενετικής

18:30-20:30

102

Εισαγωγή στη στατιστική για βιολόγους

201

DNA, αλληλουχία, RNA

Σάββατο 5 Νοεμβρίου 2022

Ώρα

Μάθημα

ΟΜΑΔΑ Α

Μάθημα

ΟΜΑΔΑ Β

9:30-11:30

101

Το κέλυφος του UNIX 2

201

Γονίδιο, γονιδίωμα

12:00-14:00

101

Προγραμματισμός – θεμέλιο 1

201

Αντιγραφή

16:00-18:00

102

Βασικές έννοιες, τύποι μεταβλητών

202

DNA/RNA

18:30-20:30

102

Συγκέντρωση και οργάνωση στατιστικών δεδομένων

202

Μενδελική γενετική

Κυριακή 6 Νοεμβρίου 2022

Ώρα

Μάθημα

ΟΜΑΔΑ Α

Μάθημα

ΟΜΑΔΑ Β

9:30-11:30

101

Προγραμματισμός – θεμέλιο 2

202

Γενετική πληθυσμών

12:00-14:00

102

Πιθανότητες, κατανομές πιθανοτήτων

201

Μεταγραφή

Εβδομάδα 2: Δια ζώσης

Παρασκευή 18 Νοεμβρίου 2022

Ώρα

Μάθημα

ΟΜΑΔΑ Α

Μάθημα

ΟΜΑΔΑ Β

16:00-18:00

101

Προγραμματισμός παραδείγματα 1

202

Εξελικτική Γενετική

18:30-20:30

102

Συσχέτιση – παλινδρόμηση

202

Το ανθρώπινο γονιδίωμα

Σάββατο 19 Νοεμβρίου 2022

Ώρα

Μάθημα

ΟΜΑΔΑ Α

Μάθημα

ΟΜΑΔΑ Β

9:30-11:30

101

Προγραμματισμός παραδείγματα 2

201

Μετάφραση

12:00-14:00

102

Έλεγχοι υποθέσεων, ανάλυση διακύμανσης

201

Επιγενετική

Module 2: Εισαγωγή στη Βιοπληροφορική

Μαθήματα:

  • ΕΒΠ03, Βιοπληροφορική και Υπολογιστική Βιολογία: Θεμελιώδεις Αρχές, υπεύθυνος Αντώνης Γιαννακάκης

  • ΕΒΠ04, Μεταγραφομική, Γονιδιωματική και Επιγενετική, υπεύθυνη Μαριρένα Γρηγορίου

  • ΕΒΠ05, Γλώσσες Προγραμματισμού και Λογισμικό στη Βιοπληροφορική, υπεύθυνος Πέτρος Κολοβός

Σάββατο 19 Νοεμβρίου 2022

16:00-18:00

03

Εισαγωγή στην Ευφυή Ανάλυση Δεδομένων, Μηχανική Μάθηση και Βαθιά Μάθηση

18:30-20:30

04

Τεχνολογίες αιχμής: Αλληλούχιση Επόμενης Γενιάς, Crispr/Cas, dPCR

Κυριακή 20 Νοεμβρίου 2022

Ώρα

Μάθημα

9:30-11:30

04

Συγκριτική γονιδιωματική: Προκαρυωτικά & Ευκαρυωτικά Γoνιδιώματα, Ταυτοποίηση Γονιδίων, Γονιδιώματα, Γονιδιώματα & Εξέλιξη, Εφαρμογές (genomics, whole genome seq, SNPs)

12:00-14:00

05

Εισαγωγή στην R, R-studio, βασικές εντολές

Εβδομάδα 3: Διά ζώσης

Παρασκευή 2 Δεκεμβρίου 2022

Ώρα

Μάθημα

16:00-18:00

03

Βάσεις Βιολογικών Δεδομένων

Σάββατο 3 Δεκεμβρίου 2022

Ώρα

Μάθημα

9:30-11:30

03

Αναπαραστάση Βιολογικών Δεδομένων: Οντολογίες και Γράφοι Γνώσης

12:00-14:00

05

Data frame manipulation

16:00-18:00

04

Λειτουργική γονιδιωματική : Γονιδιακή Έκφραση στην Ανάπτυξη – Εξέλιξη (transcriptomics, single cell & spatial transcriptomics)

18:30-20:30

04

Λειτουργική γονιδιωματική ΙΙ: Aπό την επιγενετική στην επιγονιδιωματική και τη φαινομική (epigenomics, phenomics)

Κυριακή 4 Δεκεμβρίου 2022

Ώρα

Μάθημα

9:30-11:30

03

Ανάλυση Βιολογικών αλληλουχιών: Συγκριτική Γονιδιωματική και Γονιδιωματική Εξέλιξη

12:00-14:00

05

Διαγράμματα και Στατιστική με R

Εβδομάδα 4: Τηλεδιασκέψεις

Παρασκευή 16 Δεκεμβρίου 2022

Ώρα

Μάθημα

16:00-18:00

03

Υπολογιστική Πρόγνωση Δομής και Λειτουργίας Πρωτεϊνών με Έμφαση στους Αλγόριθμους Hidden Markov

18:30-20:30

05

Functions in R

Σάββατο 17 Δεκεμβρίου 2022

Ώρα

Μάθημα

9:30-11:30

03

Γονιδιωματική, Μεταγονιδιωματική, Βιολογικά Δίκτυα, Απεικόνιση Δεδομένων, Υψηλής-Απόδοσης Ανάλυση Δεδομένων και Κειμένο

12:00-14:00

05

Introduction to Machine Learning

16:00-18:00

04

Λειτουργική γονιδιωματική ΙΙΙ: Πρωτεομική ανάλυση, Πρωτεομική και Μεταβολομική (proteomics, metabolomics)

18:30-20:30

03

Υπολογιστική Πρόβλεψη Πρωτεϊνικών Αλληλεπιδράσεων: Εξόρυξη Γνώσης μέσα από την ανάλυση κειμένου και Γονιδιακού Περιεχομένου

Κυριακή 18 Δεκεμβρίου 2022

Ώρα

Μάθημα

9:30-11:30

05

UNIX περιβάλλον και εντολές

12:00-14:00

04

Μικροβίωμα (metagenomics, metatranscriptomics)

Module 3: Ανάλυση Βιολογικών Δεδομένων

Μαθήματα:

  • ΕΒΠ06, Βιολογία Συστημάτων και Ανάλυση Δεδομένων NGS, υπεύθυνος Πέτρος Κολοβός

  • ΕΒΠ07, Στατιστική Επεξεργασία Βιολογικών Δεδομένων, υπεύθυνος Αριστοτέλης Παπαγεωργίου

  • ΕΒΠ08, Ανάλυση Δομής Βιομορίων, υπεύθυνη Βασιλική Φαδούλογλου

Εβδομάδα 5: Διά ζώσης

Παρασκευή 10 Φεβρουαρίου 2023

Ώρα

Μάθημα

16:00-18:00

06

Βασικές αρχές και ανάλυση ChIP-seq, RNA-seq, xC, Exome-seq

18:30-20:30

07

Marker data, SNPs, αλληλουχίες, οργάνωση δεδομένων, αναλύσεις, ποικιλότητα και διαφοροποίηση, πληθυσμιακή δομή, πακέτα R

Σάββατο 11 Φεβρουαρίου 2023

Ώρα

Μάθημα

9:30-11:30

06

Genome Wide Association Studies

12:00-14:00

07

Ordination, πολυμεταβλητές αναλύσεις, πακέτα R

16:00-18:00

08

Δομή βιομορίων: βασικές αρχές της δομής πρωτεϊνών, νουκλεϊκών οξέων, νουκλεοπρωτεϊνικών συμπλόκων

18:30-20:30

08

Δομικά μοτίβα και επικράτειες. Πρωτεϊνική δομή και ασθένειες. Βάσεις δεδομένων πρωτεϊνικών δομών

Κυριακή 12 Φεβρουαρίου 2023

Ώρα

Μάθημα

9:30-11:30

07

Εξελικτικά σενάρια, γενετικές αποστάσεις, φυλογενετικά δέντρα, δίκτυα, bayesian, πακέτα R

12:00-14:00

08

Πρωτεϊνική ομολογία: από την αμινοξική αλληλουχία στη δομή και τη λειτουργία. Πρόβλεψη πρωτεϊνικής δομής Ι

Εβδομάδα 6: Τηλεδιασκέψεις

Παρασκευή 3 Μαρτίου 2023

Ώρα

Μάθημα

16:00-18:00

06

Networks

18:30-20:30

07

Σύγχρονες τεχνολογίες γονιδωματικής πληθυσμών

Σάββατο 4 Μαρτίου 2023

Ώρα

Μάθημα

9:30-11:30

08

Αναδίπλωση πρωτεϊνών: Το πρόβλημα της πρωτεϊνικής αναδίπλωσης. Πρόβλεψη πρωτεϊνικής δομής ΙΙ (AlphaFold)

12:00-14:00

06

Introduction to NGS pipelines (variant calling)

16:00-18:00

07

Γεωγραφική γενετική

Κυριακή 5 Μαρτίου 2023

Ώρα

Μάθημα

9:30-11:30

06

Γενετικά τεστ

12:00-14:00

08

Προσδιορισμός της δομής βιομορίων Ι: Κρυσταλλογραφία ακτίνων Χ

Εβδομάδα 7: Τηλεδιασκέψεις

Παρασκευή 17 Μαρτίου 2023

Ώρα

Μάθημα

16:00-18:00

06

Multi omic

18:30-20:30

08

Προσδιορισμός της δομής βιομορίων ΙΙ: Πυρηνικος μαγνητικός συντονισμός (NMR)

Σάββατο 18 Μαρτίου 2023

Ώρα

Μάθημα

9:30-11:30

06

From sequencing reads to metabolic models

12:00-14:00

08

Προσδιορισμός της δομής βιομορίων ΙΙI: Ηλεκτρονική μικροσκοπία

16:00-18:00

08

Προσδιορισμός της δομής βιομορίων ΙV: Σκέδαση ακτίνων Χ σε μικρές γωνίες (SAXS)

Κυριακή 19 Μαρτίου 2023

Ώρα

Μάθημα

9:30-11:30

07

Εισαγωγή στο metabarcoding (οικολογία και βιοποικιλότητα βασισμένη στη μελέτη “γονιδίων μαρτύρων”), pipeline development και high performance computing

12:00-14:00

07

Literature and data-mining to uncover process, environment, organism associations

Module 4: Σύγχρονες Τεχνικές Ανάλυσης και Εφαρμογές της Βιοπληροφορικής

Μαθήματα:

  • ΕΒΠ09, Case Studies στην Εφαρμοσμένη Βιοπληροφορική, υπεύθυνος Παύλος Εφραιμίδης

  • ΕΒΠ10, Σύγχρονες Τεχνολογίες στην Επιστήμη των Υπολογιστών, υπεύθυνοι Ιωάννης Μπούταλης & Νίκόλαος Μητιανούδης

Εβδομάδα 8: Τηλεδιασκέψεις

Παρασκευή 31 Μαρτίου 2023

Ώρα

Μάθημα

16:00-18:00

09

Algorithms and Tools

Σάββατο 1 Απριλίου 2023

Ώρα

Μάθημα

10:00-12:00

09

Algorithmic Use Case: BLAST

16:00-19:00

10

Βασικές έννοιες και εργαλεία της μηχανικής μάθησης (machine learning)

Κυριακή 2 Απριλίου 2023

Ώρα

Μάθημα

9:30-11:30

09

Algorithmic Use Case: Motif-finding

16:00-19:00

10

Τεχνητά νευρωνικά δίκτυα (artificial neural networks), βασικές έννοιες

Εβδομάδα 9: Τηλεδιασκέψεις

Παρασκευή 5 Μαΐου 2023

Ώρα

Μάθημα

16:00-18:00

09

Machine Learning Use Case: Covid

Σάββατο 6 Μαΐου 2023

Ώρα

Μάθημα

10:00-12:00

09

Machine Learning Use Case: Drug-target interaction

16:00-19:00

10

Εισαγωγή στη βαθιά μάθηση (deep learning)

Κυριακή 7 Μαΐου 2023

Ώρα

Μάθημα

9:30-11:30

09

Course Project

16:00-19:00

10

Eφαρμογές στην επεξεργασία βιολογικών δεδομένω

Εβδομάδα 10: Διά ζώσης

Παρασκευή 19 Μαΐου 2023

Ώρα

Μάθημα

16:00-18:00

06

Course Project

18:30-20:30

07

Course Project

Σάββατο 20 Μαΐου 2023

Ώρα

Μάθημα

9:30-11:30

08

Course Project

12:00-14:00

09

Course Project

16:00-18:00

10

Course Project

18:30-20:30

Κλείσιμο ΠΜΣ